菲律賓屬季風型熱帶雨林氣候，高溫、多雨、濕度大、臺風多。年平均氣溫約27℃，年平均降水量大部分地區在2000-3000毫米之間。群島西部有旱季（11-次年4月）和雨季（5-10月）之分，東部海岸終年有雨，并以冬雨最多。

南部地區也終年多雨，無明顯旱、雨季之分。東部的太平洋面是臺風發源地，每年6-11月多臺風。

菲律賓境內河流均較短小。呂宋島最大河流卡加延河，長350千米；棉蘭老島以棉蘭老河和阿古桑河較大。