印度尼西亞地處赤道周邊，屬熱帶雨林氣候，由于季風而分為干、濕兩季，平地年雨量介于1,780–3,175毫米，山區最多可達6,100毫米，山區以蘇門答臘、西爪哇、加里曼丹、蘇拉威西、巴布亞西部為最高；濕度一般而言相當高，平均約80%；年溫差小，雅加達日均溫介于26至30℃。

印尼地處環太平洋火山帶，處于太平洋板塊與印度-澳洲板塊之間，地震和火山活動頻繁，全國共有火山400多座，其中活火山150多座。著名的活火山有默拉皮火山、喀拉喀托火山、馬拉皮火山等。